Resumen

El programa GEPASI es capaz de simular el estado estacionario y el comportamiento a lo largo del tiempo de las reacciones en varios compartimientos de volúmenes distintos.

El usuario suministra al programa con información acerca de la estructura estequiométrica de la ruta y la cinética de cada reacción, volúmenes de los compartimientos, y concentración inicial de todas las especies químicas. Así, el programa construye las ecuaciones diferenciales que gobiernan el comportamiento del sistema y los resuelve.

Los resultados se producen en una forma flexible, de tal forma que los datos puedan ser importados a hojas de cálculo u otros programas de procesamiento de datos. Estos datos pueden ser graficados en gráficos 2D o 3D directamente desde el programa. GEPASI tiene la habilidad de hacer barrido (scanning) intervalos de valores de los parámetros del sistema, y producir un mapeo del comportamiento del sistema dentro de estos intervalos.

GEPASI caracteriza los estados estacionarios que encuentra empleando Análisis de Control Metabólico y análisis de estabilidad cinética lineal.

Características

- GEPASI es un software gratis (ver licencia del usuario)

- GEPASI corre bajo Microsoft Windows (95 y más actualizados)

-Los modelos en GEPASI pueden estar compuestos de muchos compartimientos con diferentes volúmenes

-El número de reacciones y metabolitos en cada modelo esta limitado solamente por la memoria disponible. Se pueden seguir la simulaciones interactivamente (incluyendo perturbaciones adicionales al tiempo en curso)

-GEPASI caracteriza estados estacionarios empleando Metabolic Control Analysis (Análisis de Control Metabólico) y análisis de estabilidad lineal

-La utilidad de barrido de GEPASI proporciona una forma para la exploración avanzada de un comportamiento de modelo en un espacio de parámetro multidimensional - GEPASI es capaz de realizar ajustes de datos (estimación de parámetros) con datos experimentales

GEPASI es capaz de encontrar máximos o mínimos de cualquiera de las variables del modelo con cualquier número de parámetros de modelo ajustables.

-Los resultados de las simulaciones pueden ser graficados en 2D y 3D directamente del programa (GEPASI usa el excelente paquete Gnuplot)

-GEPASI soporta SBLM nivel 1 para el inter-cambio de modelo con otro software de modelamiento de sistemas biológicos. SBLM es un lenguaje común, de descripción basada en modelos para software de simulación de sistemas biológicos. Se emplea principalmente para el intercambio de modelos entre distintos software. SBLM fue desarrollado por la Caltech unit del ERATO Kitano project, con una entrada frecuente de la comunidad (incluyendo al Biochemical Networks Modeling Group)...

• Materias:Simulación por computador Métodos de simulación Innovaciones tecnológicas Ingeniería de software Desarrollo de programas para computador Cinética química Cinética Bioquímica
• Subjects:Computerized simulation Simulation methods Technological innovations Software engineering Development of computer programs Chemical kinetics Kinetics Biochemistry
• Palabras claves:Estequiometria, Control metabólico, Análisis de datos, Sistemas de simulación
• Keywords:Stoichiometric, Metabolic control, Data analysis, Simulation systems