Los microorganismos y enzimas del suelo de la rizosfera son los componentes más activos de este ecosistema; están fuertemente asociados con el ciclo del carbono y reflejan las dinámicas del carbono orgánico del suelo (SOC). Por otro lado, en tierras áridas salino-alcalinas el carbono inorgánico (SIC) es la forma más común de carbono en el suelo, cuya distribución afecta el patrón de acumulación y almacenamiento de carbono. Este trabajo se enfoca en estudiar los cambios en la estructura de la comunidad microbiana en tres campos de maíz y de arroz, afectados por diferentes niveles de salinización durante el desarrollo del suelo. Dentro de los principales hallazgos, se muestra que la interacción raíz-suelo-microorganismo fue modificada por el estrés salino-alcalino. Las actividades de catalasa, invertasa, amilasa y β-glucosidasa disminuyeron con el aumento de la salinidad. A nivel de filo, la densidad de las poblaciones de bacterias disminuye con el aumento de la salinidad, aunque se observa abundancia de Proteobacteria y Firmicutes en los cultivos de maíz, mientras que en campos de arroz hubo un aumento considerable de Firmicutes, Proteobacteria y Nitrospirae bajo estrés alcalino. Las diferencias en la rizosfera de estos cultivos son afectadas principalmente por factores como pH, contenido de sal en el suelo y ESP.
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