Este artículo explora los pros y los contras de la computación reconfigurable en forma de FPGAs para una computación eficiente de alto rendimiento. En particular, el artículo presenta los resultados de un estudio comparativo entre tres tecnologías de aceleración diferentes, a saber, Field Programmable Gate Arrays (FPGAs), Unidades de Procesamiento Gráfico (GPUs) y el Motor de Banda Ancha Cell de IBM (Cell BE), en el diseño e implementación del algoritmo de alineación de secuencias pairwise de Smith-Waterman, ampliamente utilizado, con procesadores de propósito general como implementación de referencia base. Los criterios de comparación incluyen velocidad, consumo de energía, y costos de compra y desarrollo. El estudio muestra que las FPGAs superan ampliamente a todas las demás plataformas de implementación en el criterio de rendimiento por vatio y se desempeñan mejor que todas las demás plataformas en el criterio de rendimiento por dólar, aunque por un margen mucho más pequeño. Cell BE y GPU ocupan el segundo y tercer lugar, respectivamente, tanto en el criterio
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