Resumen

Diversas herramientas para la alineación de redes de interacción proteína-proteína (PPI) han sentado las bases para el análisis de redes PPI. La mayoría de las herramientas de alineación se centran en la búsqueda de regiones de interacción conservadas en las redes PPI mediante el mapeo local o global de secuencias similares. Los investigadores siguen intentando mejorar la velocidad, escalabilidad y precisión de la alineación de redes. En vista de ello, introducimos un algoritmo rápido basado en componentes conectados, HopeMap, para la alineación de redes. Observando que el tamaño de los verdaderos ortólogos entre especies es pequeño en comparación con el número total de proteínas en todas las especies, adoptamos un enfoque diferente basado en una lista precompilada de homólogos identificados por términos KO. Aplicando este enfoque a S. cerevisiae (levadura) y D. melanogaster (mosca), E. coli K12 y S. typhimurium, E. coli K12 y C. crescenttus, analizamos todas las agrupaciones identificadas en la alineación. Los resultados se evalúan mediante anotaciones actualizadas de genes conocidos, ontología de genes (GO) y grupos de ortólogos KEGG (KO). En comparación con las herramientas existentes, nuestro enfoque es rápido con un coste computacional lineal, altamente preciso en términos de especificidad y sensibilidad de los términos KO y GO, y puede extenderse fácilmente a múltiples alineaciones.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genómica Polimorfismo genético Proteómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Genomics Genetic polymorphism Proteomics Computational biology
• Palabras claves:E. coli K12, alineación de redes, especificidad de términos GO, grupos de ortólogos KEGG, análisis de redes PPI, regiones de interacción conservadas, coste computacional lineal, alineación, enfoque, especies.
• Keywords:E. coli K12, network alignment, GO terms specificity, KEGG ortholog groups, PPI network analysis, conserved interaction regions, linear computational cost, alignment, approach, species