Resumen

Los factores de transcripción (FT) son una amplia clase de genes en las plantas, y éstos pueden regular la expresión de otros genes en respuesta a diversos estreses ambientales (bióticos y abióticos). En el presente estudio, se examinó la actividad de los factores de transcripción en la caña de azúcar durante el estrés por frío. Inicialmente, las lecturas de transcripción de ARN de dos cultivares de caña de azúcar (ROC22 y GT08-1108) bajo estrés por frío se descargaron de la base de datos SRA NCBI. Las lecturas se alinearon en un genoma de referencia y los análisis de expresión diferencial se realizaron con el paquete R/Bioconductor edgeR. Basándonos en nuestros análisis en el cultivar ROC22, 963 genes TF fueron significativamente regulados al alza bajo estrés por frío entre un total de 5649 genes regulados al alza, mientras que 293 genes TF fueron regulados a la baja entre un total de 3.289 genes regulados a la baja. En el cultivar GT08-1108, se identificaron 974 genes TF entre 5.649 genes regulados al alza y 283 genes TF entre 3.289 genes regulados a la baja. La mayoría de los factores de transcripción fueron anotados con categorías GO relacionadas con la unión de proteínas, la unión del factor de transcripción, la unión de secuencias específicas de ADN, el complejo del factor de transcripción, la actividad del factor de transcripción en la ARN polimerasa II, la actividad del factor de transcripción de unión a ácidos nucleicos, la actividad del corepresor de transcripción, la región reguladora de secuencia específica, la actividad del factor de transcripción de la ARN polimerasa II, la actividad del cofactor del factor de transcripción, la actividad del factor de transcripción del promotor del plastidio, la actividad del factor de transcripción del promotor de la ARN polimerasa I, la polimerasa II y la ARN polimerasa III. Los resultados anteriores ayudarán a identificar los factores de transcripción expresados diferencialmente durante el estrés por frío. También proporciona un análisis exhaustivo de la regulación de la actividad de transcripción de muchos genes. Por lo tanto, este estudio proporciona la base molecular para mejorar la tolerancia al frío en la caña de azúcar y otras gramíneas de importancia económica.

• Materias:Acetamida
• Subjects:Acetamida
• Palabras claves:Estrés ambiental; Genes diferencialmente expresados; SRA NCBI; Reacción molecular
• Keywords:Environmental stress; Differentially expressed genes; SRA NCBI; Molecular reaction