Resumen

Las enzimas Nudix son una superfamilia con un mecanismo de reacción común conservado que proporciona la capacidad para la hidrólisis de un amplio espectro de metabolitos. Hemos utilizado modelos de Markov ocultos basados en secuencias Nudix de las bases de datos PFAM y PROSITE para identificar hidrolasas Nudix codificadas por el genoma de Arabidopsis. Se identificaron 25 hidrolasas Nudix y se clasificaron en 11 familias individuales mediante alineaciones de secuencias por pares. Las fases intrón se conservaron de forma sorprendente en cada familia. El análisis filogenético mostró que todas las familias formaban grupos monofiléticos. Con el algoritmo de análisis de motivos MEME se identificaron motivos de secuencias familiares conservadas. Se encontró un motivo (motivo 4) en tres familias diversas. Todas las proteínas que contenían el motivo 4 mostraban cierto grado de preferencia por sustratos que contenían una fracción ADP. Concluimos que el escaneo del genoma basado en modelos HMM y el análisis de motivos MEME, respectivamente, pueden mejorar significativamente la identificación y asignación de función de nuevos miembros de esta superfamilia de proteínas mecánicamente diversa.

• Materias:Biología molecular Biogénesis Proliferación celular Genómica Inestabilidad genómica
• Subjects:Molecular biology Biogenesis Cell proliferation Genomics Genomic instability
• Palabras claves:motif, Nudix hidrolasas, Conserved familial sequence motifs, MEME motif analysis algorithm, conserved common reaction mechanism, MEME motif analysis, diverse protein superfamily, pairwise sequence alignments, ADP moiety, Arabidopsis genome
• Keywords:motif, Nudix hydrolases, Conserved familial sequence motifs, MEME motif analysis algorithm, conserved common reaction mechanism, MEME motif analysis, diverse protein superfamily, pairwise sequence alignments, ADP moiety, Arabidopsis genome