El análisis comparativo de la composición de los metanógenos en las heces de caballo y poni se llevó a cabo mediante la construcción de bibliotecas de clones del gen de la subunidad α de la metil coenzima-M reductasa (mcrA) y del gen del ARN ribosómico 16S (ARNr 16S). El análisis de la biblioteca de clones mcrA indicó que Methanomicrobiales era predominante tanto en el caballo como en el poni. Además, la mayoría de los clones de la biblioteca del gen 16S rRNA mostraron que Methanomicrobiales también era predominante en el caballo y el poni, pero el análisis LIBSHUFF mostró que las bibliotecas del caballo y el poni eran significativamente diferentes ( P
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