En general, las frecuencias de mutación dependen del contexto: determinados nucleótidos adyacentes pueden influir en la probabilidad de observar un tipo específico de mutación en un genoma. Recientemente, se han identificado varios motivos hipermutables en el genoma humano. Concretamente, hay una mayor frecuencia de mutaciones T>C en la segunda posición de las palabras ATTG y ATAG y una mayor frecuencia de mutaciones A>C en la primera posición de la palabra ACAA. Estudios anteriores también han demostrado que existe una diferencia notable entre la mutagénesis de los humanos y la de la drosophila. Mientras que las mutaciones C>T están sobrerrepresentadas en el contexto CG en humanos (y otros vertebrados), esta regularidad de mutación no se observa en Drosophila melanogaster. Estas diferencias en las regularidades observadas de mutagénesis entre representantes de distintos taxones podrían reflejar diferencias en los mecanismos implicados en la mutagénesis. Hemos realizado una comparación sistemática de las regularidades de mutación dentro de contextos de 2-4 pb en Homo sapiens y Drosophila melanogaster y hemos descubierto que los contextos mencionados no son hipermutables en las moscas de la fruta. Parece que la mayoría de los contextos de mutación afectan a las tasas de mutación de manera similar en H. sapiens y D. melanogaster; sin embargo, se observan y discuten varias excepciones importantes.
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