Las desaturasas de ácidos grasos son enzimas que introducen dobles enlaces en las cadenas de hidrocarburos de los ácidos grasos. Se identificaron y clasificaron las desaturasas de ácidos grasos de 37 genomas de cianobacterias basándose en sus motivos conservados ricos en histidina y en análisis filogenéticos, que ayudan a determinar las cantidades y distribuciones de desaturasas en las especies de cianobacterias. Las cianobacterias filamentosas o fijadoras de N2 suelen poseer más tipos de desaturasas de ácidos grasos que las especies unicelulares. La vía de desaturación de acil-lípidos de las cianobacterias marinas unicelulares Synechococcus y Prochlorococcus difiere de la de otras cianobacterias, lo que indica historias filogenéticas diferentes de los dos géneros respecto a otras cianobacterias aisladas de agua dulce, suelo o simbionte. La cepa Gloeobacter violaceus PCC 7421 se aisló de roca calcárea y carece de membranas tilacoides. Los tipos y cantidades de desaturasas de esta cepa son distintos a los de otras cianobacterias, lo que refleja su divergencia más temprana de la línea de las cianobacterias. Tres cepas unicelulares termófilas, Thermosynechococcus elongatus BP-1 y dos especies de Synechococcus Yellowstone, carecen de ácidos grasos altamente insaturados en los lípidos y contienen sólo una desaturasa Δ9 en contraste con las cepas mesófilas, lo que probablemente se deba a sus hábitats térmicos. Así pues, las cantidades y los tipos de desaturasas de ácidos grasos son diversos entre las distintas especies de cianobacterias, lo que puede deberse a la adaptación a los entornos en la evolución.
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