El presente trabajo es un estudio pionero que aborda específicamente los transcritos de acuaporinas en los transcriptomas de la caña de azúcar. Se identificaron representantes de las cuatro subfamilias de acuaporinas (PIP, TIP, SIP y NIP), ya descritas para plantas superiores. Cuarenta y dos isoformas distintas de acuaporinas se expresaron en cuatro bibliotecas HT-SuperSAGE de raíces de caña de azúcar de genotipos tolerantes y sensibles a la sequía, respectivamente. Se consideró que al menos 10 isoformas de acuaporina potencialmente diana y sus respectivos unitags eran prometedores para futuros estudios y, especialmente, para el desarrollo de marcadores moleculares para el fitomejoramiento. De esas 10 isoformas, cuatro (SoPIP2-4, SoPIP2-6, OsPIP2-4 y SsPIP1-1) mostraron respuestas distintas frente a la sequía, con expresiones divergentes entre las masas de genotipos tolerantes y sensibles, cuando se compararon en condiciones normales y de estrés. Se seleccionaron dos dianas (SsPIP1-1 y SoPIP1-3/PIP1-4) para su validación mediante RT-qPCR y se confirmaron sus patrones de expresión detectados mediante HT-SuperSAGE. La estrategia de validación empleada reveló que diferentes genotipos comparten el mismo fenotipo tolerante o sensible, respectivamente, pero pueden utilizar diferentes rutas para la aclimatación al estrés, lo que indica que la transcripción de acuaporinas en caña de azúcar es potencialmente genotipo-específica.
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