Resumen

Hemos analizado el uso de codones sinónimos en el genoma de A. tamarense CCMP 1598 para las secuencias codificantes de proteínas a partir de 10865 etiquetas de secuencia expresada (ESTs). Reconstruimos un total de 4284 unigenes, incluyendo 74 proteínas ribosomales y 40 genes relacionados con plástidos, a partir de ESTs utilizando FrameDP, un programa de predicción de marcos de lectura abiertos (ORF). El análisis de correspondencia de los genes de A. tamarense basado en el uso de codones mostró que el contenido de GC en la tercera base de codones sinónimos (GC3s) estaba fuertemente correlacionado con el primer eje (r=0,93 con P<,001). Por otra parte, el segundo eje discriminó entre presuntos genes de alta y baja expresión, confirmándose los niveles de expresión mediante el análisis de las frecuencias de EST (r=-0,89 con P<,001). Nuestros resultados sugieren que el sesgo mutacional es el principal factor en la conformación del uso de codones en el genoma de A. tamarense, pero otros factores, a saber, la selección traslacional, la hidropatía y la aromaticidad, también parecen influir en la selección del uso de codones en esta especie.

• Materias:Genoma Biología celular Citogenética Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:genome Cell biology Cytogenetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:uso de codones, CCMP de A. tamarense, genes de A. tamarense, genoma de A. tamarense, marco de lectura abierto, uso de codones sinónimos, ESTs, P<.001, genes, Análisis de correspondencia.
• Keywords:codon usage, A. tamarense CCMP, A. tamarense genes, A. tamarense genome, open reading frame, synonymous codon usage, ESTs, P<.001, genes, Correspondence analysis