Resumen

Desarrollamos un método novedoso para analizar secuencias de ARN, denominado análisis de tripletes, y lo aplicamos en un experimento de selección in vitro de ARN en el que el VIH-1 Tat era la diana. Los aptámeros son ácidos nucleicos que se unen a una diana deseada (cebo) y, hasta la fecha, se han identificado muchos aptámeros mediante selección in vitro a partir de bibliotecas suficientemente concentradas en las que muchos ARN tenían una secuencia primaria de consenso obvia tras suficientes ciclos de la selección. Por lo tanto, las características estructurales de orden superior de los aptámeros que son indispensables para la interacción con el cebo deben determinarse mediante una investigación adicional de los aptámeros. En cambio, nuestro análisis de tripletes nos permitió extraer información importante sobre la estructura primaria y secundaria funcional a partir de bibliotecas de ARN mínimamente concentradas. Como resultado, mediante el uso de nuestro método, una importante región no apareada que es similar a la protuberancia de TAR se predijo fácilmente a partir de una biblioteca parcialmente concentrada en la que ninguna secuencia consenso fue revelada por un análisis de secuencia convencional. Además, nuestro método de análisis puede utilizarse para evaluar una variedad de motivos estructurales con función deseada.

• Materias:Ingeniería genética Ácido desoxirribonucleico (ADN) Ácido ribonucleico (ARN) Pliegue de Proteína Genómica
• Subjects:Genetic engineering Deoxyribonucleic acid (DNA) Ribonucleic acid (RNA) Protein Folding Genomics
• Palabras claves:análisis de tripletes, experimento de selección de rna, análisis de secuencia convencional, región importante no apareada, aptámeros, cebo, método, selección, diana, tat vih-1
• Keywords:triplet analysis, rna selection experiment, conventional sequence analysis, important unpaired region, aptamers, bait, method, selection, target, hiv-1 tat