Resumen

Antecedentes. Investigaciones recientes han descubierto que la N5-metilcitosina (m5C) está implicada en el desarrollo y la aparición de numerosos tipos de cáncer. Sin embargo, la función y el mecanismo de los reguladores de la metilación del ARN m5C en el carcinoma de células renales claras (CCRc) siguen sin descubrirse. Este estudio tiene como objetivo investigar el valor predictivo y clínico de estos genes relacionados con m5C en ccRCC. Métodos. A partir de la base de datos The Cancer Genome Atlas (TCGA), se descargaron y analizaron los patrones de expresión de doce reguladores m5C y las características clinicopatológicas correspondientes. Para revelar las relaciones entre los niveles de expresión de los genes relacionados con m5C y el valor pronóstico en ccRCC, se llevó a cabo un análisis de agrupación por consenso. Mediante el análisis univariante de Cox y el algoritmo de regresión de Cox del último operador absoluto de reducción y selección (LASSO), se construyó una firma de riesgo relacionada con m5C en el grupo de entrenamiento y se validó posteriormente en el grupo de prueba y en toda la cohorte. A continuación, se analizó la capacidad predictiva de supervivencia de esta firma de riesgo relacionada con m5C mediante análisis de regresión de Cox y nomograma. Se aplicaron la anotación funcional y el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes de muestra única (ssGSEA) para explorar más a fondo la función biológica y las posibles vías de señalización. Además, realizamos experimentos de qRT-PCR y medimos el nivel global de metilación del ARN m5C para validar esta firma in vitro y en muestras de tejido. Resultados. En la cohorte TCGA-KIRC, encontramos diferencias significativas en la expresión de genes relacionados con la metilación del ARN m5C entre los tejidos de CCRm y los tejidos renales normales. Se realizó un análisis de conglomerados de consenso para separar a los pacientes en dos subtipos de metilación del ARN m5C. Se observaron resultados significativamente mejores en los pacientes con CCRm en el grupo 1 que en el grupo 2. Se calculó la puntuación de riesgo relacionada con la metilación del ARNm5C para evaluar el pronóstico de los pacientes con CCRm mediante siete reguladores de metilación del ARNm5C seleccionados (NOP2, NSUN2, NSUN3, NSUN4, NSUN5, TET2 y DNMT3B) en la cohorte de entrenamiento. El AUC para la supervivencia a 1, 2 y 3 años en la cohorte de entrenamiento fue de 0,792, 0,675 y 0,709, respectivamente, lo que indica que la firma de riesgo tenía una excelente predicción del pronóstico en CCRm. Además, los análisis de regresión de Cox univariante y multivariante revelaron que la firma de riesgo podía ser un factor pronóstico independiente en el CCRm. Los resultados del ssGSEA sugirieron que las células inmunitarias con diferentes grados de infiltración entre los grupos de alto y bajo riesgo eran células T, incluidas células T auxiliares foliculares, células Th1, células Th2 y células T CD8, y que las principales diferencias en las funciones relacionadas con la inmunidad entre los dos grupos eran la respuesta al interferón y la coestimulación de las células T. Además, la qRT-PCR reveló que las células inmunitarias con diferentes grados de infiltración entre los grupos de alto y bajo riesgo eran células T, incluidas células T auxiliares foliculares, células Th1, células Th2 y células T CD8. Además, los experimentos de qRT-PCR confirmaron nuestros resultados en líneas celulares renales y muestras de tejido. Conclusiones. De acuerdo con los siete factores reguladores seleccionados de la metilación del ARN m5C, se desarrolló una firma de riesgo asociada a la metilación m5C que puede predecir de forma independiente el pronóstico en pacientes con CCRm y se verificó además la eficacia predictiva.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genoma Genética vegetal Proteómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis genome Plant genetics Proteomics
• Palabras claves:firma de riesgo, metilación del ARN m5C, CCRc, reguladores de la metilación del ARN m5C, genes, experimentos de PCR, pacientes con CCRc, muestras de tejido, cohorte de entrenamiento, células T ayudantes foliculares.
• Keywords:risk signature, m5C RNA methylation, ccRCC, m5C RNA methylation regulators, genes, PCR experiments, ccRCC patients, tissue samples, training cohort, follicular helper T cells