El ADN dañado, generado por la abstracción de uno de los cinco átomos de hidrógeno del anillo de 2′-desoxirribosa del ácido nucleico, puede contener diversas lesiones, algunas de las cuales comprometen procesos fisiológicos. Recientemente, se ha descubierto que el daño del ADN, resultante de la formación de un radical C3′-timidinilo en oligómeros de ADN, depende de la estructura del ácido nucleico. Se observó que las arquitecturas relevantes para la replicación del ADN generan mayores cantidades de rotura de hebra y formación de 1-(2′-deoxi-β-D-treo-pentofuranosil)timidina que las observadas en el ADN dúplex. Para entender cómo este daño puede afectar a la integridad del ADN, se caracterizó el impacto de las lesiones derivadas del radical C3′-timidinil en la estabilidad y estructura del ADN mediante métodos biofísicos. Las arquitecturas de ADN evaluadas incluyen ADN dúplex (dsADN), 3′ o 5′-overhangs simples (OvHgs) y horquillas. El análisis de fusión térmica y las mediciones de calorimetría diferencial de barrido indican que un 3′-OvHg individual es más desestabilizador que un 5′-OvHg. La presencia de un fosfato terminal 3′ o 5′ disminuye la ΔG25 en la misma medida, mientras que el efecto del fosfato en la unión ss-dsDNA de OvHgs depende de la secuencia. Además, el efecto de la 1-(2′-deoxi-β-D-treo-pentofuranosil)timidina depende de la arquitectura del ADN y de la proximidad al extremo 3′ de la cadena dañada.
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