El estudio del origen de la vida diversificada ha estado plagado de dificultades técnicas y conceptuales, controversias y apriorismos. En la actualidad se acepta popularmente que el árbol universal de la vida tiene sus raíces en los akariotas y que Archaea y Eukarya son grupos hermanos entre sí. Sin embargo, los estudios evolutivos se han centrado abrumadoramente en las secuencias de ácidos nucleicos y proteínas, que cumplen parcialmente sólo dos de los tres pasos principales del análisis filogenético, la formulación de modelos evolutivos realistas y la optimización de la reconstrucción del árbol. En ausencia de la polarización de los caracteres, es decir, la capacidad de identificar los estados de los caracteres ancestrales y derivados, cualquier afirmación sobre el enraizamiento del árbol de la vida debería considerarse sospechosa. Aquí mostramos que la estructura macromolecular y un nuevo marco filogenético de análisis que se centra en las partes de los sistemas biológicos en lugar de en el conjunto proporcionan una señal filogenética profunda y fiable y nos permiten plantear hipótesis de origen. Revisamos más de una década de estudios filogenómicos, que extraen información de un censo genómico de millones de proteínas y ARN codificados. Mostramos cómo el uso de modelos de proceso de acumulación molecular que cumplen con el criterio de generalidad de Weston apoya un escenario filogenómico consistente en el que el origen de la vida diversificada puede rastrearse hasta la historia temprana de las Archaea.
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