La hipótesis del ancestro arqueal (AAS) para el origen de los eucariotas implica la aparición de un nuevo tipo de organismo a partir de la fusión de células arqueales y bacterianas ancestrales. Equipada con este arsenal molecular "quimérico", la célula resultante acumularía gradualmente genes únicos y desarrollaría las complejas maquinarias moleculares y los compartimentos celulares que caracterizan a los eucariotas modernos. En este sentido, las proteínas relacionadas con la fagocitosis y el movimiento celular deberían estar presentes en el ancestro arqueal, identificando así el recientemente descrito filo arqueal "Lokiarchaeota" como un posible ancestro candidato de los eucariotas. A pesar de su atractivo, el AAS parece incompatible con las diferencias genómicas, moleculares y bioquímicas que existen entre Archaea y Eukarya. En particular, la distribución de estructuras de dominios de proteínas conservadas en los proteomas de los organismos celulares y los virus parece difícil de conciliar con el AAS. Además, las preocupaciones relacionadas con el muestreo de taxones y caracteres, la presuposición de grupos externos bacterianos en las filogenias, y los efectos no uniformes de la reordenación de la estructura de los dominios de las proteínas y la ganancia/pérdida en las alineaciones concatenadas de las secuencias de proteínas arrojan más dudas sobre las filogenias que apoyan el AAS. Aquí evaluamos el AAS frente al mundo tradicional de "tres dominios" de los organismos celulares y proponemos que el descubrimiento de Lokiarchaeota podría reconciliarse mejor bajo este último punto de vista, especialmente a la luz de varias consideraciones biológicas y técnicas adicionales.
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