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Architecture of Y-Family DNA Polymerases Relevant to Translesion DNA Synthesis as Revealed in Structural and Molecular Modeling StudiesArquitectura de las ADN polimerasas de la familia Y relevante para la síntesis de ADN por translesión, revelada en estudios estructurales y de modelado molecular

Resumen

Los aductos de ADN, que bloquean las ADN polimerasas replicativas (DNAPs), a menudo son evitados por las DNAPs que evitan las lesiones, que pertenecen en su mayoría a la familia Y. Las DNAPs de la familia Y pueden realizar inserciones no mutagénicas o mutagénicas de dNTPs. Las DNAP de la familia Y pueden realizar inserciones de dNTP no mutagénicas o mutagénicas, y comprender esta diferencia es importante, porque las mutaciones transforman las células normales en tumorigénicas. Se considera la arquitectura de los DNAP de la familia Y que dicta el mecanismo, según revelan los estudios estructurales y de modelado. Se describen los pasos desde el bloqueo de aductos de los DNAP replicativos, pasando por la derivación mediante un DNAP de derivación de lesión, hasta la reanudación de la síntesis mediante un DNAP replicativo. Se consideran los pasos catalíticos y los cambios conformacionales de la proteína. Se analiza con más detalle un aducto: el principal aducto benzo[a]pireno (B[a]P-N2-dG), que es puenteado no mutagénicamente (inserción de dCTP) por las DNAP de la familia Y de la clase IV/κ y mutagénicamente (inserción de dATP) por las DNAP de la familia Y de la clase V/η. Se discuten importantes diferencias arquitectónicas entre las DNAPs de clase IV/κ frente a las de clase V/η, incluyendo los conocimientos obtenidos mediante el análisis de ~400 secuencias cada una de las DNAPs IV y V bacterianas, junto con secuencias de las DNAPs eucariotas kappa, eta e iota. Los dominios de dedo meñique de los DNAPs de la familia Y no muestran conservación de secuencia; sin embargo, sus estructuras son notablemente similares debido a la presencia de un núcleo de aminoácidos hidrofóbicos, cuya identidad exacta es menos importante que el espaciado entre aminoácidos hidrofóbicos.

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