Los investigadores han empleado variados mecanismos microbianos presentes en la naturaleza con fines de beneficio para la sociedad por medio de la biotecnología. El uso de las herramientas biotecnológicas intenta aprovechar, con distintos propósitos, la amplia capacidad metabólica que han desarrollado los microorganismos. Ejemplos de estas aplicaciones son el uso de microorganismos para disminuir la contaminación (biorremediación) y el empleo de sistemas catabólicos microbianos (biodegradación) para la optimización de procesos industriales.
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