Resumen

El objetivo de este estudio fue identificar polimorfismos de nucleótido único (SNPs) que pudieran estar asociados con el espesor de la grasa dorsal (BFT) en cerdos. Para lograr este objetivo, evaluamos el potencial y los límites de un diseño experimental que combinaba varias metodologías. Muestras de ADN de dos grupos de cerdos Large White italianos con valores estimados de reproducción (EBV) divergentes para el BFT se agruparon por separado y se secuenciaron, tras la preparación de bibliotecas de representación reducida (RRL), en la tecnología Ion Torrent. Aprovechando las ventajas de SNAPE para la búsqueda de SNPs en los grupos de ADN secuenciados, se identificaron 39.165 SNPs; 1/4 de ellos eran nuevas variantes no registradas en dbSNP. Combinando los datos de secuenciación con los resultados de genotipado de Illumina PorcineSNP60 BeadChip en los mismos animales, se superpusieron 661 posiciones genómicas con una buena aproximación de la estimación de la frecuencia alélica menor. Un total de 54 SNPs que mostraban alelos enriquecidos en uno o en los otros RRLs podrían ser marcadores potenciales asociados al BFT. Algunos de estos SNP estaban próximos a genes implicados en fenotipos relacionados con la obesidad.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Proteomics Genetic transcription
• Palabras claves:SNPs, BFT, cerdos blancos grandes italianos, estimación de la frecuencia alélica menor, Illumina PorcineSNP60 BeadChip, tecnología Ion Torrent, espesor de la grasa dorsal, polimorfismos de nucleótido único, grupos de ADN, muestras de ADN.
• Keywords:SNPs, BFT, Italian Large White pigs, minor allele frequency estimation, Illumina PorcineSNP60 BeadChip, Ion Torrent technology, back fat thickness, single nucleotide polymorphisms, DNA pools, DNA samples