Este capítulo se centra en la caracterización y el monitoreo independiente de la cultura de las comunidades microbianas en el sistema de tratamiento de aguas residuales de la curtiduría, con especial referencia a la degradación de dos químicos xenobióticos utilizados en los procesos de recurtido. El estudio molecular de un sistema de tratamiento de aguas residuales de curtiduría a través de enfoques metagenómicos y metatranscriptómicos reveló una comunidad microbiana diversa en cada componente del sistema de tratamiento con altas copias de genes para enzimas implicadas en la degradación de compuestos aromáticos cíclicos tales como nitrotolueno. Se utilizó una combinación de citometría de flujo y métodos de huellas moleculares en un reactor a escala de laboratorio para monitorizar la dinámica de los microbios en el lodo y el destino de dos productos químicos de recurtido. Las comunidades microbianas clave identificadas para la eliminación de los dos productos químicos xenobióticos pertenecen a miembros del grupo Proteobacteria y el filo Bacteroidetes.
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