Resumen

La expresión alelo-específica (ASE) se encuentra en aproximadamente el 20-30% de los genes humanos. Durante la tumorigénesis, la ASE cambia debido a alteraciones somáticas que modifican el panorama regulador. En el cáncer colorrectal (CCR), muchos cromosomas muestran ganancias o pérdidas frecuentes, mientras que la homocigosidad del cromosoma 7 es rara. Nuestra hipótesis es que los genes esenciales para la supervivencia muestran una expresión alelo-específica (ASE) en ambos alelos del cromosoma 7. Utilizando un panel de 21 líneas celulares de CCR de bajo paso recientemente establecidas, realizamos un análisis de ASE hibridando ADN y ADNc con Infinium HumanExome-12 v1 BeadChips que contenía cSNPs en 392 genes del cromosoma 7. Los resultados de este análisis inicial se ampliaron con un análisis de la expresión alelo-específica. Los resultados de este análisis inicial se ampliaron y validaron en un conjunto de 89 muestras emparejadas de mucosa normal y CCR. Descubrimos que el 14% de los genes mostraban ASE en una o más líneas celulares e identificamos el cambio alélico de los genes potenciales de supervivencia celular DLX5, GRB10 y SVOPL en el cromosoma 7, según el cual el alelo más abundantemente expresado en el tejido normal es el alelo menos expresado en el tumor y viceversa. Hemos establecido que este cambio alélico no se debe a la pérdida de impronta. El cambio alélico de SVOPL puede ser el resultado de una regulación transcripcional a la baja, mientras que los mecanismos exactos que resultan en el cambio alélico de DLX5 y GRB10 quedan por dilucidar. En conclusión, nuestros resultados muestran que se producen profundos cambios en la regulación transcripcional alélica durante la tumorigénesis del CCR.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:cambio alélico, cromosoma, ASE, genes, expresión específica, Infinium HumanExome-12 v1 BeadChips, líneas celulares de CCR de paso, genes potenciales de supervivencia celular DLX5, regulación transcripcional alélica, más líneas celulares
• Keywords:allelic switching, chromosome, ASE, genes, specific expression, Infinium HumanExome-12 v1 BeadChips, passage CRC cell lines, potential cell survival genes DLX5, allelic transcriptional regulation, more cell lines