Resumen

Las islas CpG suelen estar situadas en el extremo 5′ de los genes y se consideran marcadores génicos porque desempeñan un papel importante en la regulación génica a través de cambios epigenéticos. En este estudio, comparamos las características de las islas CpG identificadas por varios algoritmos principales estableciendo los valores de corte de los parámetros para obtener un número similar de islas CpG en un genoma. Este enfoque nos permite comparar sistemáticamente los patrones de metilación y expresión génica en las islas CpG identificadas. Descubrimos que el algoritmo de Takai y Jones tiende a identificar islas CpG más largas pero con características de isla CpG más débiles (por ejemplo, menor contenido de GC y menor proporción de los CpG observados sobre los esperados) y mayor nivel de metilación. Por el contrario, los grupos de CpG identificados por el algoritmo de Hackenberg et al. utilizando criterios estrictos son más cortos y tienen características más fuertes y un nivel de metilación más bajo. Además, utilizamos el perfil de metilación con resolución de bases de todo el genoma en dos líneas celulares para demostrar que los genes con un menor nivel de metilación en las islas CpG asociadas al promotor tienden a expresarse en más tejidos y tienen una expresión más fuerte. Nuestros resultados validaron que la metilación del ADN de las islas CpG asociadas al promotor suprime la expresión génica a nivel genómico.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genes mitocondriales Genómica Proteómica Epigenómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Mitochondrial genes Genomics Proteomics Epigenomics
• Palabras claves:islas CpG, menor nivel de metilación, características más débiles de las islas CpG, Hackenberg et al, patrones de expresión génica, mayor nivel de metilación, islas CpG más largas, menor contenido de GC, valores de corte de los parámetros, resolución perfil de metilación
• Keywords:CpG islands, lower methylation level, weaker CpG island features, Hackenberg et al, gene expression patterns, higher methylation level, longer CpG islands, lower GC content, parameter cutoff values, resolution methylation profile