Resumen

Las tecnologías de secuenciación de nueva generación han proporcionado numerosas oportunidades de aplicación en el estudio de genomas completos de plantas. En este estudio presentamos la secuenciación y el análisis bioinformático de cinco variedades típicas de arroz, tres de las cuales son índicas y dos japónicas con resistencia potencial al añublo. Un total de 688,4 millones de lecturas de extremo pareado de 100 pb han producido una cobertura de aproximadamente 30 veces para comparar con el genoma de referencia Nipponbare. Entre ellas, un pequeño número de lecturas se asignaron tanto a cromosomas como a genomas organelares. Se han determinado más de dos millones ochocientos mil polimorfismos de nucleótido único (SNP) e inserciones y deleciones (InDels) en líneas índica y japónica, que potencialmente tienen impactos significativos en múltiples transcritos de genes. En los cromosomas 1, 4 y 5 de todos los genomas del arroz examinados se encontraron desiertos de SNP, es decir, regiones contiguas con pocos SNP. A partir de la distribución de SNP por 100 pares de kilobases, se han construido las relaciones filogenéticas entre las variedades locales. Este es el primer paso para revelar varias características sobresalientes de los genomas del arroz en Vietnam y proporcionar importantes recursos de información para promover la selección asistida por marcadores (MAS) en los programas de cultivo de arroz.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:Genoma de referencia del Nipponbare, resistencia potencial al añublo, programas de mejora del arroz, varias características destacadas, recursos de información significativos, polimorfismos de nucleótido único, variedades autóctonas típicas de arroz, genomas completos de plantas, SNP, cromosomas.
• Keywords:Nipponbare reference genome, potential blast resistance, rice breeding programs, several salient features, significant information resources, single nucleotide polymorphisms, typical rice landraces, whole plant genomes, SNPs, chromosomes