Resumen

Antecedentes. Existen muchas firmas de expresión génica para describir el estado biológico de tumores perfilados. El Análisis de Componentes Principales (ACP) puede utilizarse para resumir una firma génica en una única puntuación. Nuestra hipótesis es que las firmas génicas pueden ser validadas cuando se aplican a nuevos conjuntos de datos, utilizando propiedades inherentes del PCA. Resultados. Esta validación se basa en cuatro conceptos clave. Coherencia: los elementos de una firma genética deben estar correlacionados más allá del azar. Unicidad: la dirección general de los datos examinados puede conducir a la mayor parte de la señal observada. Robustez: si una firma génica está diseñada para medir un único efecto biológico, entonces esta señal debe ser lo suficientemente fuerte y distinta en comparación con otras señales dentro de la firma. Transferibilidad: la puntuación de la firma génica PCA derivada debería describir la misma biología en el conjunto de datos objetivo que en el conjunto de datos de entrenamiento. Conclusiones. El procedimiento de validación propuesto garantiza que las firmas génicas basadas en PCA funcionen como se espera cuando se aplican a conjuntos de datos distintos de aquellos en los que se entrenaron las firmas. Las firmas complejas, que describen múltiples componentes biológicos independientes, también se identifican fácilmente.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:firma génica, PCA, firmas génicas, puntuación de la firma génica PCA, componentes biológicos independientes múltiples, análisis de componentes principales, efecto biológico único, firmas complejas, muchos genes, estado biológico
• Keywords:gene signature, PCA, gene signatures, PCA gene signature score, multiple independent biological components, Principal Component Analysis, single biological effect, Complex signatures, Many gene, biological state