Passiflora edulis es una especie ampliamente distribuida y cultivada en Colombia, con potencial económico. Aunque existe una amplia variabilidad genética y fenotípica, aún no ha sido explorada mediante el uso de técnicas moleculares. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar la estructura y diversidad genética de cultivares de P. edulis utilizando marcadores ISSR. El estudio se realizó utilizando muestras foliares de 21 cultivares de P. edulis colectadas dentro de un sistema productivo en el departamento de Boyacá, Colombia, utilizando siete cebadores ISSR. La similitud genética se utilizó para agrupar por el método UPGMA, el contenido de información polimórfica (PIC), la heterocigosidad esperada (He), el índice de Shannon (I), el flujo génico (Nm) y el coeficiente de diferenciación genética (Gst) se estimaron utilizando los software POPGENE y TFPGA. Para evaluar la estructura genética se utilizaron el modelo bayesiano y el análisis de la varianza molecular (AMOVA). Los cultivares de P. edulis mostraron altos índices de polimorfismo. Siete ISSR produjeron 138 loci. El análisis de conglomerados formó dos grupos según la similitud genética y las características fenotípicas asociadas principalmente al fruto. El valor medio de la heterocigosidad esperada fue de 0,29 para la población total y de 0,27 y 0,22 para los grupos I y II, respectivamente. El AMOVA indica una mayor diversidad dentro de los grupos, pero no entre ellos, mostrando niveles de jerarquía diferentes de los considerados en este estudio. Se observa una diferenciación genética moderada (Gst=0,12) y un elevado flujo genético (Nm=3,91).
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