Resumen

Uno de los principales problemas de la producción algodonera estadounidense y mundial son los daños causados por el nematodo reniforme, Rotylenchulus reniformis. En ocasiones, la amplificación del ADN de nematodos individuales para su posterior análisis molecular puede suponer un reto. En esta investigación se evaluó la eficacia de dos métodos de amplificación del genoma completo (WGA) en la amplificación del ADN de un único nematodo reniforme. La WGA se llevó a cabo utilizando los kits REPLI-g Mini y Midi, y el kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex. El análisis de secuencias produjo 4 Mb y 12 Mb de secuencias genómicas para el nematodo reniforme utilizando las bibliotecas REPLI-g y SIGMA. Estas secuencias se ensamblaron en 28.784 y 24.508 contigs, respectivamente, para las bibliotecas REPLI-g y SIGMA. Las mayores repeticiones en ambas bibliotecas fueron de baja complejidad, y las menores para la biblioteca REPLI-g correspondieron a satélites y para la biblioteca SIGMA, a RTE/BOV-B. Se observó el mismo tipo de repeticiones en ambas bibliotecas; sin embargo, la biblioteca SIGMA tenía otros cuatro elementos repetidos (Penélope [elemento nucleotídico intercalado largo (LINE)], RTE/BOV-B (LINE), PiggyBac y Mirage/P-elemento/Transib), que no se observaron en la biblioteca REPLI-g. También se encontraron transposones de ADN en ambas bibliotecas. Las dos variantes del ARNr 18S de los nematodos reniformes (RN_VAR1 y RN_VAR2) pudieron identificarse fácilmente en ambas bibliotecas. Por lo tanto, esta investigación ha demostrado la capacidad de utilizar ambos métodos de WGA en la amplificación de ADNg aislado de nematodos reniformes individuales.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genoma Genética vegetal Proteómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis genome Plant genetics Proteomics
• Palabras claves:REPLI, bibliotecas, bibliotecas SIGMA, biblioteca SIGMA, biblioteca g, nematodo reniforme, análisis molecular adicional, kit de amplificación del genoma, producción mundial de algodón, otros elementos repetidos
• Keywords:REPLI, libraries, SIGMA libraries, SIGMA library, g library, reniform nematode, further molecular analysis, genome amplification kit, global cotton production, other repeat elements