Resumen

La edición del ARN es una modificación postranscripcional de nucleótidos en humanos. De los distintos tipos de edición del ARN, la sustitución de adenosina por inosina es la más extendida en los eucariotas superiores, y está mediada por las enzimas de la familia ADAR. La inosina es reconocida por la maquinaria biológica como guanosina; por tanto, la edición podría tener efectos funcionales sustanciales en todo el genoma. La edición del ARN podría contribuir al cáncer, ya sea por la edición exclusiva de genes supresores/promotores de tumores o por la introducción de diversidad transcriptómica para promover la progresión del cáncer. En este trabajo se ofrece una visión global de los sitios de edición de ARN en el adenocarcinoma gástrico y se destacan algunas de sus posibles contribuciones al cáncer gástrico. Los datos de RNA-seq correspondientes a 8 adenocarcinomas gástricos y sus homólogos no tumorales emparejados se recuperaron de la base de datos GEO. Tras el preprocesamiento y la búsqueda de variantes, se empleó un riguroso proceso de filtrado para distinguir los posibles sitios de edición de ARN de los SNP. Los posibles sitios de edición identificados se anotaron y compararon con los de la base de datos DARNED. En total, se detectaron 12.362 sitios de edición de ARN de adenosina a inosina de alta confianza en todas las muestras. De ellos, 12105 y 257 eran eventos de edición conocidos y nuevos, respectivamente. Estos sitios de edición se distribuyeron de manera desigual a través de las regiones genómicas, y casi la mitad de ellos se encuentran en 3′UTR. Nuestros resultados revelaron que 4868 sitios de edición eran comunes tanto en tejidos normales como cancerosos. De los sitios restantes, 3985 y 3509 eran exclusivos de los tejidos normales y cancerosos, respectivamente. Otros análisis revelaron un número significativo de eventos editados diferencialmente entre estos sitios, que estaban localizados en genes codificadores de proteínas y microRNAs. Dado el distinto patrón de edición de ARN en el adenocarcinoma gástrico y el tejido normal adyacente, los sitios editados tienen el potencial de servir como biomarcadores de diagnóstico y dianas terapéuticas en el cáncer gástrico.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genómica Inestabilidad genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Genomics Genomic instability Genetic polymorphism
• Palabras claves:sitios, edición de ARN, adenocarcinoma gástrico, ARN, tejidos cancerosos, sitios de edición, cáncer gástrico, sitios de edición de ARN de inosina, enzimas de la familia ADAR, tejido normal adyacente
• Keywords:sites, RNA editing, gastric adenocarcinoma, RNA, cancer tissues, editing sites, gastric cancer, inosine RNA editing sites, ADAR family enzymes, adjacent normal tissue