Resumen

Las repeticiones de secuencia simple (SSR) se encuentran entre los marcadores más importantes para el análisis de poblaciones y se han utilizado ampliamente en la cartografía fitogenética y la mejora molecular. Los marcadores EST-SSR (Expressed sequence tag-SSR), localizados en las regiones codificantes, son potencialmente más eficientes para el mapeo de QTL, la selección de genes y la mejora genética asistida por marcadores. En este estudio, investigamos 51.694 unigenes no redundantes, ensamblados a partir de lecturas limpias de secuenciación profunda del transcriptoma con una plataforma Solexa/Illumina, para la identificación y desarrollo de EST-SSRs en col china. En total, 10.420 EST-SSRs con más de 12 pb fueron identificados y caracterizados, entre los cuales 2744 EST-SSRs son nuevos y 2317 son conocidos mostrando polimorfismo con SSRs previamente reportados. Se diseñó un total de 7877 pares de cebadores PCR para 1561 loci EST-SSR, y se seleccionaron para su evaluación pares de cebadores para veinticuatro EST-SSR. En diecinueve loci EST-SSR (79,2%) se generaron con éxito amplicones de alta calidad. Diecisiete (89,5%) mostraron polimorfismo en veinticuatro cultivares de col china. Se secuenciaron los alelos polimórficos de cada locus polimórfico, y los resultados mostraron que la mayoría de los polimorfismos se debían a variaciones de los motivos de repetición SSR. Los EST-SSR identificados y caracterizados en este estudio tienen importantes implicaciones para el desarrollo de nuevas herramientas de genética y mejora molecular en la col china.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Proteomics Genetic transcription
• Palabras claves:EST, SSRs, col china, loci SSR, mejora molecular, pares de cebadores PCR, motivos de repetición SSR, secuenciación profunda del transcriptoma, SSR, polimorfismo
• Keywords:EST, SSRs, Chinese cabbage, SSR loci, molecular breeding, PCR primer pairs, SSR repeat motifs, deep transcriptome sequencing, SSR, polymorphism