Se comparó la eficacia de tres protocolos de PCR para la detección de Bifidobacterium adolescentis y un protocolo de PCR para la detección de Bacteroidales como indicadores de contaminación fecal humana en muestras ambientales. La PCR cuantitativa indicó que se recuperó una mayor concentración de ADN de B. adolescentis de muestras de aguas residuales en los filtros de 0,2 μm en comparación con los filtros de 0,45 μm, y no hubo evidencia de inhibidores de qPCR en los extractos de ADN. Con el método Matsuki (1999),B. adolescentis solo se detectó en muestras de aguas residuales sin diluir. El método King (2007) funcionó bien y detectó B. adolescentis en todas las diluciones de aguas residuales (desde sin diluir hasta 10-4). Por el contrario, el método de Bonjoch (2004) fue eficaz en la detección de B. adolescentis en diluciones más bajas (10-3) de muestras de aguas residuales y dio resultados falsos positivos con algunas (3/8) muestras fecales de cerdo. Se detectaron Bacteroidales específicos de humanos (HuBacs) en las diluciones más bajas de muestras de aguas residuales, pero dio positivo en muestras fecales de cerdo (6/8) y vacuno. La detección por PCR de B. adolescentis en muestras marinas de Puerto Rico y en muestras de agua dulce de Georgia indicó que el método PCR de King et al. (2007) y el método Layton modificado para HuBac coincidían en la detección de contaminación fecal humana en la mayoría de los sitios.
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