Resumen

En la actualidad se han desarrollado varios modelos empíricos de Bayes (cada uno con diferentes supuestos de distribución estadística) para analizar la metilación diferencial del ADN utilizando matrices de oligonucleótidos de alta densidad. Sin embargo, sigue sin estar claro qué modelo funciona mejor. Por ejemplo, para el análisis de regiones metiladas diferencialmente para características de secuencia conservadoras y funcionales (por ejemplo, enriquecimiento de sitios de unión a factores de transcripción (TFBS)), la sensibilidad de tales análisis, utilizando diversos modelos empíricos de Bayes, sigue sin estar clara. En este trabajo se construyeron cinco modelos empíricos de Bayes, basados en una distribución gamma o en una distribución logarítmica normal, para la identificación de loci metilados diferenciales y sus patrones de metilación dependientes de la división celular (1, 3 y 5) y del tratamiento farmacológico (cisplatino). Mientras que los patrones de metilación diferencial generados por modelos log-normales estaban enriquecidos con numerosos TFBS, no observamos casi ninguna secuencia enriquecida con TFBS utilizando modelos de suposición gamma. Los resultados estadísticos y biológicos sugieren que la distribución log-normal, en lugar de la gamma, del modelo empírico de Bayes es un método muy exacto y preciso para el análisis de metilación diferencial en microarrays. Además, presentamos uno de los modelos log-normales para el análisis de metilación diferencial y comprobamos su reproducibilidad mediante un estudio de simulación. Creemos que esta investigación es la primera comparación exhaustiva de modelos estadísticos para el análisis de la metilación diferencial del ADN, un importante fenómeno biológico que regula con precisión la transcripción de genes.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genes mitocondriales Genómica Proteómica Epigenómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Mitochondrial genes Genomics Proteomics Epigenomics
• Palabras claves:metilación diferencial del ADN, modelos empíricos de Bayes, log, modelos normales, matrices de oligonucleótidos en mosaico de densidad, diferentes supuestos de distribución estadística, análisis de micromatrices de metilación diferencial, distribución del modelo empírico de Bayes, diversos modelos empíricos de Bayes, patrones de metilación dependientes
• Keywords:differential DNA methylation, empirical Bayes models, log, normal models, density oligonucleotide tiling arrays, different statistical distribution assumptions, differential methylation microarray analysis, empirical Bayes model distribution, various empirical Bayes models, dependent methylation patterns