Las ciclodextrinas se utilizan ampliamente para la solubilización de fármacos poco solubles en las formulaciones. Sin embargo, el desarrollo actual de formulaciones con ciclodextrinas depende en gran medida del método de ensayo y error en el laboratorio, que requiere mucho tiempo y es muy costoso. El objetivo de esta investigación era comparar tres enfoques de modelado (Docking, dinámica molecular (MD) y mecánica cuántica (QM)) para la complejación ciclodextrina/fármaco. Se utilizó el ibuprofeno como fármaco modelo. Se calculó la energía libre de enlace a partir de tres métodos de simulación como parámetro importante para comparar con los resultados experimentales. Los resultados de docking del programa AutoDock Vina mostraron que la puntuación de la capacidad de complejación entre el ibuprofeno y las ciclodextrinas es alfa (α), gamma (γ), beta (β) y HP-beta-ciclodextrinas, lo que indicó una clasificación similar con los resultados de los experimentos de diagrama de fase y solubilidad. La simulación MD indicó que el ibuprofeno podía formar complejos estables con las ciclodextrinas β-, γ- y HP-β-, pero no con la ciclodextrina alfa. Las energías libres de enlace de la simulación MD para β-, γ-, y HP-β-ciclodextrinas fueron -3,67, -0,67, y -3,87 kcal/mol, individualmente. Las entalpías de la simulación QM para β-, γ-, y HP-β-ciclodextrinas fueron -17,22, -14,75, y -20,28 kcal/mol, respectivamente. Los resultados de los tres enfoques de modelado mostraron una clasificación similar entre el ibuprofeno y las cuatro moléculas de ciclodextrina que los datos experimentales. Sin embargo, la simulación MD con cálculo de entropía tuvo el valor más cercano a los datos experimentales para β y HP-beta-ciclodextrinas. Así pues, la simulación MD con el método MM-PBSA puede ajustarse al cribado in silico para formulaciones de ciclodextrinas.
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