Resumen

Realizamos un análisis de la densidad de SSRs en diferentes regiones genómicas de la yuca. La información obtenida fue útil para establecer comparaciones entre la distribución genómica de los SSRs de la yuca y los del álamo, el lino y la Jatropha. En general, la yuca presenta una baja densidad de SSRs (~50 SSRs/Mbp) y tiene una alta proporción de pentanucleótidos, (24,2 SSRs/Mbp). Se encontró que las secuencias codificantes tienen 15,5 SSRs/Mbp, los intrones tienen 82,3 SSRs/Mbp, los 5′ UTRs tienen 196,1 SSRs/Mbp, y los 3′ UTRs tienen 50,5 SSRs/Mbp. Mediante el análisis de motivos de los SSR del genoma de la mandioca, el motivo más abundante fue AT/AT, mientras que en las secuencias intrónicas y las regiones UTR fue AG/CT. Además, en las secuencias codificantes también se encontró que el motivo AAG/CTT era el más frecuente; de hecho, es el tercer codón más utilizado en la yuca. Las secuencias que contenían SSRs se clasificaron según su anotación funcional de las categorías de Gene Ontology. Los SSR identificados aquí pueden ser una valiosa adición para el mapeo genético y futuros estudios en análisis filogenéticos y evolución genómica.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:SSRs, Mbp, yuca, categorías de la Ontología Genética, análisis de densidad de SSRs, baja densidad de SSRs, UTRs, secuencias, regiones UTRs, motivo abundante
• Keywords:SSRs, Mbp, cassava, Gene Ontology categories, SSRs density analysis, low SSR density, UTRs, sequences, UTRs regions, abundant motif