En los sistemas agrícolas, las interacciones entre plantas y microorganismos son importantes para mantener la producción y la rentabilidad. En este estudio, las comunidades bacterianas en las aguas de inundación de los campos de arroz fueron monitoreadas durante las etapas vegetativa y reproductiva del desarrollo de la planta de arroz utilizando secuenciación de amplicones 16S. El estudio se llevó a cabo en el sur de Brasil, durante los años de cosecha 2011/12 y 2012/13. Los análisis comparativos mostraron fuertes diferencias entre las comunidades de las aguas de inundación asociadas a las dos etapas de desarrollo. Durante la etapa vegetativa, se detectaron 1551 unidades taxonómicas operativas (OTU), mientras que en la etapa reproductiva se identificó menos de la mitad de ese número (603). La mayor riqueza bacteriana observada en el agua de inundación recogida durante la etapa vegetativa puede haberse visto favorecida por la mayor concentración de nutrientes, como el potasio, debida a la rizodeposición y a la aplicación de fertilizantes. En ambas muestras se identificaron 18 filos bacterianos. En ambas comunidades predominaban las Gammaproteobacterias. En la fase vegetativa, Alphaproteobacteria y Betaproteobacteria fueron más abundantes y, por el contrario, Bacilli y Clostridia fueron las clases más dominantes en la fase reproductiva. Los principales taxones bacterianos identificados han sido identificados previamente como importantes colonizadores de los arrozales. La riqueza y composición de las comunidades bacterianas a lo largo del tiempo de cultivo pueden contribuir a la sostenibilidad del cultivo.
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