El humedal de Sudd es una de las regiones ricas en petróleo de Sudán del Sur, donde la contaminación ambiental derivada de las actividades de extracción de petróleo no tiene precedentes. Aunque la fitorremediación es la técnica más viable, su eficacia se reduce cuando la concentración de HTP en el suelo es elevada. Esto ha hecho que la rizorremediación sea el enfoque preferido. La rizorremediación implica el uso de una combinación de fitorremediación y bioestimulación. El proceso está catalizado por la acción de rizobacterias. Por lo tanto, el objetivo de este estudio es caracterizar las comunidades de rizobacterias prevalentes en especies fitorremediadoras que crecen en suelos contaminados con hidrocarburos bioestimulados con estiércol bovino. Los tratamientos estudiados fueron sólo especies vegetales (T1), especies vegetales e hidrocarburos (T2), especies vegetales y estiércol (T3), y especies vegetales, estiércol e hidrocarburos (T4). Las comunidades de rizobacterias se determinaron mediante pirosecuenciación del ARNr 16S. En el tratamiento con especies fitorremediadoras, hidrocarburos 75 g - kg-1suelo, y estiércol de ganado 5 g - kg-1suelo (T4), se produjo un aumento significativo (p<0,05) en la abundancia de rizobacterias, observándose el mayor ASV en H. rufa (4980) y el menor en S. arundinaceum (3955). En el mismo tratamiento, la diversidad de la comunidad bacteriana fue alta en H. rufa (Chao1, 10310) y la menor en S. arundinaceum (Chao 1, 8260) con Proteobacteria, Firmicutes y Actinobacteria como filos dominantes. Del mismo modo, en el suelo contaminado tratado con estiércol bovino, hubo un aumento significativo (p<0,05) en la abundancia de géneros de rizobacterias con Pseudomonas dominando en todas las especies fitorremediadoras. H. rufa estaba dominada por Bacillus, Fusibacter y Rhodococcus; G. barbadense estaba asociada principalmente con Luteimonas y Mycobacterium, y T. diversifolia estaba habitada por Bacillus y Luteimonas. La rizosfera de O. longistaminata estaba dominada por Bacillus, Fusibacter y Luteimonas, mientras que S. arundinaceum estaba habitada principalmente por Sphingomonas. Estos géneros de rizobacterias deberían aplicarse en la región de Sudd para la biorremediación.
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