Se realizó una identificación de todo el genoma y una comparación filogenética y sinténica de los genes responsables de las enzimas fenilalanina amoníaco liasa (PAL) y peroxidasa A (POX A) en nueve especies vegetales que representan grupos muy diversos, como leguminosas (Glycine max y Medicago truncatula), frutas (Vitis vinifera), cereales (Sorghum bicolor, Zea mays y Oryza sativa), árboles (Populus trichocarpa) y especies modelo de dicotiledóneas (Arabidopsis thaliana) y monocotiledóneas (Brachypodium distachyon). En estas especies se han identificado un total de 87 y 1045 genes de las familias génicas PAL y POX A, respectivamente. La comparación filogenética y sinténica junto con la distribución de motivos muestra un alto grado de conservación de los genes PAL, lo que sugiere que estos genes pueden ser anteriores a la divergencia monocotiledónea/eudicotiledónea. Los genes de la familia POX A, presentes en grupos en las regiones subteloméricas de los cromosomas, podrían estar evolucionando y expandiéndose con mayor rapidez que la familia de genes PAL. Nuestro análisis mostró que durante la expansión de la familia de genes POX A, muchos grupos y subgrupos han evolucionado, dando lugar a un alto nivel de divergencia funcional entre monocotiledóneas y dicotiledóneas. Estos resultados actuarán como un primer paso hacia la comprensión de la evolución de monocotiledóneas y eudicotiledóneas y la caracterización funcional de estas familias de genes en el futuro.
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