La iniciativa para establecer el Jardín Botánico de Velebit surgió del Dr. Fran Kušan, Profesor Titular de Botánica Farmacéutica en la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la Universidad de Zagreb, y varios de sus asociados. El Profesor Fran Kušan presentó su visión del Jardín en una guía publicada en el »Senjski Zbornik« (Crónica de Senj) en 1971: «Las comunidades de plantas naturales que crecen en el Jardín y en la Reserva ya contienen una gran cantidad de las plantas más conocidas de Velebit. Esta comunidad vegetal primordial no será perturbada, ya que representa la base del mundo vegetal en el Jardín. Las formas de vegetación ya existentes se enriquecerán con nuevas plantas que serán recogidas a lo largo de toda la extensión de Velebit. Estas serán traídas al Jardín y plantadas en ambientes adecuados, ya sean bosques, praderas o rocas. La introducción de nuevas plantas no debe perturbar la armonía entre las plantas ya existentes en el área del Jardín. Las plantas en el Jardín darán la impresión de una cubierta vegetal natural, con la única diferencia de que cada planta que crezca en condiciones óptimas de vida estará etiquetada con su nombre botánico. Las comunidades individuales también estarán etiquetadas para que los visitantes puedan ver fácilmente a qué comunidad pertenece cada planta, y en qué entorno y compañía crecen. En unos pocos años, planeamos reunir todo el mundo vegetal de Velebit en el Jardín.»
La idea de establecer el Jardín fue aceptada por el Instituto Republicano para la Protección de la Naturaleza de Croacia y la Administración Forestal de Senj. En el verano de 1966, la Comisión para la vigilancia del terreno y la selección del sitio recorrió el terreno y seleccionó Modrić Dolac (1.480 m) como el lugar para el futuro jardín. Fueron influenciados por varias razones, siendo la más importante que esta pequeña área contaba con una gran variedad de hábitats y paisajes diferentes. De fácil acceso por carretera, la ubicación también estaba equipada con un chalet de montaña y la estación meteorológica de Zavižan. Además, el Jardín también contenía una fuente de agua fresca, una necesidad indispensable tanto para las plantas en el vivero como para los equipos expertos estacionados en el Jardín. Afortunadamente, el área estaba gestionada por la Administración Forestal de Senj, que asumió la obligación de asegurar el terreno necesario para el establecimiento del Jardín. El Jardín se estableció finalmente en 1967 sobre un área de 50 ha.
Dos años después, el Instituto Republicano para la Protección de la Naturaleza adoptó una resolución proclamando al Jardín Botánico de Velebit como un monumento protegido de la naturaleza en la categoría de »monumento de arquitectura de jardines – jardín botánico«. En 1971, el área de las cumbres adyacentes, que abarcaba 68 ha, fue proclamada reserva botánica especial »Zavižan-Balinovac-Velika (Zavižanska) Kosa«.
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