Resumen

Este estudio introduce un nuevo método para construir árboles filogenéticos combinando las repeticiones de secuencias simples (SSR) y los alineamientos de secuencias. El propósito de este trabajo es presentar el programa DendroSSR y mostrarlo a través de un caso de estudio que involucra diversas especies de Aspergillus. Para mostrar cómo funciona el programa DendroSSR para resolver complicadas relaciones entre especies en árboles filogenéticos, empleamos la especie Aspergillus como ejemplo de un caso de investigación. El DendroSSR emplea una técnica que contiene múltiples fases, empezando por la detección de SSR, el cálculo de las similitudes de SSR, la alineación de secuencias, la construcción de una matriz de distancias basada en la similitud de SSR y las alineaciones de secuencias, y después la agrupación jerárquica, y la presentación de los resultados en un dendrograma. A veces, los alineamientos de secuencias por sí solos pueden no dar información adecuada para generar un árbol filogenético que resuelva relaciones complicadas entre especies. Por lo tanto, establecer una matriz de distancias formada por la adición de la similitud de SSRs entre secuencias a la alineación de secuencias tradicional ayuda sustancialmente al proceso y resuelve las conexiones de especies complejas en árboles filogenéticos. Además, puede resultar difícil distinguir las relaciones complejas entre especies cuando se estudian las secuencias conservadas, lo que podría dar lugar a una representación incompleta de sus relaciones evolutivas. Estas limitaciones son abordadas por DendroSSR, que ofrece una técnica para producir árboles filogenéticos mediante la incorporación de la similitud SSRs a través de especies en el enfoque de generación de árboles filogenéticos. Como es sabido, los SSR están muy dispersos en los genomas de las especies y presentan una gran variación. Por lo tanto, los SSR pueden respaldar los conocimientos obtenidos a partir de los alineamientos de secuencias proporcionando más información sobre la variación genética e incluso las relaciones evolutivas. El uso del análisis DendroSSR podría considerarse para crear árboles filogenéticos como estrategia complementaria o secundaria entre las especies examinadas en circunstancias en las que el análisis filogenético tradicional no consigue aclarar las complejas relaciones filogenéticas de las especies.

• Materias:Acetamida
• Subjects:Acetamida
• Palabras claves:DendroSSR; Repeticiones de secuencia simple (SSRs); Árboles filogenéticos; Especies de Aspergillus; UPGMA
• Keywords:DendroSSR; Simple sequence repeats (SSRs); Phylogenetic trees; Aspergillus species; UPGMA