Resumen

Este artículo describe un método novedoso para predecir con alta precisión las estructuras activadas de los receptores acoplados a proteínas G (GPCRs), con el objetivo de utilizar las estructuras 3D predichas en futuras cribas virtuales. Proponemos un nuevo método para modelar las fluctuaciones térmicas de los GPCRs, donde los cambios de conformación de las proteínas se modelan combinando fluctuaciones en múltiples escalas de tiempo. La idea central del método es que se utiliza una simulación de dinámica molecular para calcular las coordenadas 3D promedio de todos los átomos de una proteína GPCR frente a las fluctuaciones de calor en la escala de tiempo de picosegundos o nanosegundos, y luego la computación evolutiva, incluyendo simulaciones de acoplamiento receptor-ligando, funciona para determinar el ángulo de rotación de cada hélice de una proteína GPCR como un movimiento en una escala de tiempo más larga. El método fue validado utilizando el receptor de leucotrieno B4 humano BLT1 como un ejemplo de

• Materias:Energías renovables Hidrocarburos Infección Enfermedades mentales Tumor
• Subjects:Renewable energy Hydrocarbons Infection Mental illness Tumor
• Palabras claves:Método; Predecir; Receptores acoplados a proteínas G; Estructuras 3D; Cribado virtual; Simulación de dinámica molecular
• Keywords:Method; Predict; G-protein-coupled receptors; 3D structures; Virtual screening; Molecular dynamics simulation