Lemnaceae (comúnmente llamada lenteja de agua) es una planta acuática ideal para el análisis cuantitativo en ciencias vegetales. Varias especies de esta familia representan las plantas con flores más pequeñas y de crecimiento más rápido. Los distintos ecotipos de una misma especie varían en sus propiedades bioquímicas y fisiológicas. Por ello, es muy importante seleccionar los ecotipos deseables de una especie. Aquí desarrollamos un sistema de identificación molecular sencillo y rápido para Spirodela polyrhiza y Landoltia punctata basado en el polimorfismo de secuencia. En primer lugar, se diseñaron varios pares de cebadores y se seleccionaron tres marcadores como buenos para la identificación. Tras la amplificación por PCR, se detectaron fragmentos de ADN (la combinación de tres productos de PCR) en diferentes lentejas de agua mediante electroforesis capilar. La electroforesis capilar de alta resolución mostró una alta identidad con los resultados de la secuenciación. La combinación de los productos PCR que contenían varios fragmentos de ADN mejoró mucho la frecuencia de identificación. Estos resultados indican que este método no sólo es bueno para la identificación interespecífica, sino también ideal para la distinción intraespecífica. Mientras tanto, se encontraron 11 haplotipos tanto en el ecotipo de S. polyrhiza como en el de L. punctata. Los resultados sugieren que este sistema de marcadores es útil para la identificación a gran escala de la lenteja de agua y para el cribado de ecotipos deseables para mejorar el uso diverso en la utilización de la lenteja de agua.
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