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La facilidad con la que se pueden manipular cepas auxótrofas y genes que las complementan, así como la estabilidad de los sistemas de selección auxotrófica, están entre las ventajas de usar marcadores auxotróficos para producir proteínas heterólogas. La mayoría de los marcadores auxotróficos en provienen de mutagénesis química o física que pueden resultar en mutaciones no deseadas junto con la mutación de interés. Una cepa auxotrófica S1 fue generada al eliminar el gen de la orotidina-5-monofosfato decarboxilasa () mediante reemplazo génico dirigido. El requerimiento de uridina de la cepa resultante GR6 fue complementado por plásmidos que llevaban un gen de o de . La expresión de -galactosidasa por la cepa GR6 transformada con un plásmido que codifica una -galactosidasa heteróloga fue al menos 150 veces mayor que la obtenida con la cepa no transformada. El reemplazo génico dirig
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