El rotavirus es el principal agente infeccioso de la gastroenteritis aguda (GEA) en niños menores de cinco años y causa una importante morbilidad y mortalidad en todo el mundo. El estudio se llevó a cabo para detectar la tasa de prevalencia, la cepa del genotipo y los factores de riesgo del rotavirus entre los niños de las zonas rurales y urbanas del distrito de Bannu Khyber Pakhtunkhwa Pakistán. Se recogieron un total de 180 muestras de heces de niños menores de 5 años de dos grandes hospitales de Bannu de enero a diciembre (2015). Las muestras se analizaron mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) para la detección de rotavirus, las muestras positivas se procesaron posteriormente para el genotipado (tipo G y P) mediante PCR específica. Del total, 41 (23%) muestras resultaron positivas para Rotavirus. Los genotipos G más prevalentes encontrados fueron: G3, G8, G9 (29% cada uno), seguidos de G10 (15%) y G11 (10%). Mientras que los genotipos P prevalentes fueron: P-8 (25%), P-4 y P-10 (20% cada uno), P-9 (15%), seguidos de P-6 y P-11 (10% cada uno). Además, la infección por rotavirus fue más prevalente en verano (23,73%) e invierno (22,7%) que en primavera (20%) y otoño (21,4%). La infección por rotavirus presentó una frecuencia elevada en junio (14%), octubre (8%) y noviembre (6%). Se concluye que el rotavirus es más prevalente en los niños y que en la zona de estudio están presentes varios genotipos (G y P) de rotavirus. La falta de estudios, de concienciación y la rareza de las pruebas de detección del rotavirus son las principales razones de la prevalencia del virus en el distrito de Bannu (Pakistán).
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