La degradación del hábitat causada por las actividades humanas ha reducido el tamaño de muchas poblaciones de plantas en todo el mundo, generalmente con repercusiones genéticas negativas. Sin embargo, detectar tales impactos en las especies arbóreas no es fácil porque los árboles tienen una larga vida. Machilus thunbergii Sieb. et Zucc. (Lauraceae) es una especie arbórea dominante de los bosques latifoliados de hoja perenne distribuidos principalmente a lo largo de la costa japonesa. Los hábitats interiores de esta especie se han degradado debido a las actividades humanas. Para investigar los efectos de la degradación del hábitat en la estructura genética, comparamos las diversidades genéticas de árboles maduros y jóvenes de cinco poblaciones de M. thunbergii alrededor del lago Biwa en Japón. La diversidad alélica se vio influida por la mezcla de linajes en el pasado, pero los efectos del tamaño del bosque no estaban claros. Por otra parte, el coeficiente de endogamia de la fase juvenil fue mayor en las poblaciones pequeñas, mientras que las grandes mantuvieron la reproducción panmíctica. Además, el grado de diferenciación genética fue mayor en los juveniles que en los maduros. Detectamos los primeros efectos genéticos de la degradación del hábitat en poblaciones pequeñas y aisladas de M. thunbergii, lo que indica que la degradación del hábitat aumenta la endogamia y la diferenciación genética entre poblaciones.
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