Resumen

La identificación de sondas genómicas diferencialmente variables (VD) se está convirtiendo en un nuevo enfoque para detectar nuevos factores de riesgo genómico de enfermedades humanas complejas. La prueba F es la prueba estándar de igual varianza en estadística. En el caso de los datos genómicos de alto rendimiento, la prueba F para sondas se ha utilizado con éxito para detectar marcas de metilación del ADN biológicamente relevantes que presentan varianzas diferentes entre dos grupos de sujetos (por ejemplo, casos frente a controles). Además de la metilación del ADN, el microARN (miARN) es otro mecanismo importante de la epigenética. Sin embargo, hasta donde sabemos, ningún estudio ha identificado los miARN del VD. En este artículo, propusimos un nuevo método de agrupación basado en modelos para mejorar la potencia de la prueba F de sonda para detectar miARNs DV. Se impusieron estructuras especiales en las matrices de covarianza para cada cluster de miRNAs basado en la información previa sobre la relación entre las varianzas en los casos y controles y sobre la independencia entre ellos. Los estudios de simulación mostraron que el método propuesto parece prometedor en la detección de sondas DV. Basándonos en dos conjuntos de datos reales sobre el carcinoma hepatocelular humano (CHC), identificamos 7 miARNs sólo VD (hsa-miR-1826, hsa-miR-191, hsa-miR-194-star, hsa-miR-222, hsa-miR-502-3p, hsa-miR-93, y hsa-miR-99b) utilizando el método propuesto, uno de los cuales (hsa-miR-1826) aún no se ha reportado como relacionado con el CHC en la literatura.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Biogénesis Genética vegetal Genómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Biogenesis Plant genetics Genomics
• Palabras claves:hsa, prueba F sabia, método, DV miRNAs, nuevos factores de riesgo genómico, marcas relevantes de metilación del ADN, enfermedades humanas complejas, carcinoma hepatocelular humano, HCC, casos
• Keywords:hsa, wise F test, method, DV miRNAs, novel genomic risk factors, relevant DNA methylation marks, complex human diseases, human hepatocellular carcinoma, HCC, cases