Anteriormente desarrollamos un método altamente específico para la detección de SNPs con un sistema basado en microarrays utilizando sondas stem-loop. En este trabajo demostramos que el acoplamiento de un procedimiento de multiplexación con nuestro método de microarrays es posible para la detección y el genotipado simultáneos de cuatro mutaciones puntuales, en tres genes diferentes, implicadas en la enfermedad de Charcot-Marie-Tooth. Se amplificó el ADN de individuos sanos y de pacientes, se marcó con Cy3 mediante PCR multiplex y se hibridó en los microarrays. Las intensidades de las señales de los puntos fueron de 18 a 74 veces mayores para las coincidencias perfectas que para las secuencias objetivo no coincidentes que difieren en un solo nucleótido (relación de discriminación) para el ADN "homocigoto" de individuos sanos. Las muestras de ADN mutante "heterocigoto" dieron ratios de intensidad de señal cercanos a 1 en las posiciones de las mutaciones, como era de esperar. Por lo tanto, el genotipado mediante este método era fiable. Este sistema combina ahora el principio de genotipado altamente específico basado en sondas de estructura de bucle de vástago con las ventajas del análisis multiplex.
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