Resumen

Con la gran disponibilidad de redes de interacción de proteínas y datos de microarreglos respaldados, identificar los caminos lineales que tienen significado biológico en la búsqueda de una vía potencial es un desafío. Propusimos un método de codificación de colores basado en las características de la topología de la red biológica y aplicamos una búsqueda heurística para acelerar el método de codificación de colores. En los experimentos, probamos nuestros métodos aplicándolos a dos conjuntos de datos: las redes de levadura y cáncer de próstata humano y un conjunto de datos de expresión génica. Las comparaciones de nuestro método con otros métodos existentes en las vías de MAPK de levadura conocidas en términos de precisión y recuperación muestran que podemos encontrar el máximo número de proteínas y tener un rendimiento comparativamente bueno. Por otro lado, nuestro método es más eficiente que los anteriores y detecta los caminos de longitud 10 en 40 segundos utilizando una CPU Intel de 1,73GHz y 1GB de memoria principal funcionando bajo el

• Materias:Energías renovables Hidrocarburos Infección Enfermedades mentales Tumor
• Subjects:Renewable energy Hydrocarbons Infection Mental illness Tumor
• Palabras claves:Amplia disponibilidad; Redes de interacción de proteínas; Método de codificación de colores; Topología de redes biológicas; Búsqueda heurística; Datos de expresión génica
• Keywords:Large availability; Protein interaction networks; Color-coding method; Biological network topology; Heuristic search; Gene expression data