Resumen

La secuenciación de próxima generación (NGS) es una tecnología revolucionaria para la investigación biomédica. Una aplicación altamente rentable de la NGS es detectar la asociación de enfermedades basada en muestras de ADN agrupadas. Sin embargo, hay varios problemas clave que deben abordarse para la NGS agrupada. Uno de ellos es la alta tasa de error de secuenciación y su alta variabilidad en diferentes posiciones genómicas y ejecuciones experimentales, que, si no se considera bien en el diseño experimental y análisis, podría llevar a una tasa de falsos positivos inflada o a una pérdida de poder estadístico. Otro problema importante es cómo probar la asociación de un grupo de variantes raras. Para abordar el primer problema, propusimos un nuevo diseño de agrupación bloqueada en el que múltiples agrupaciones de muestras de ADN de casos y controles se secuencian juntas en las mismas unidades funcionales de NGS. Para abordar el segundo problema, propusimos un procedimiento de prueba que no requiere genotipos individuales

• Materias:Modelos de regresión Conjunto borroso Agrupamiento Factores de transcripción Modelo autorregresivo
• Subjects:Regression models Fuzzy set Clustering Transcription factors Autoregressive model
• Palabras claves:Secuenciación de próxima generación; Asociación con enfermedades; Muestras de ADN agrupadas; Tasa de error de secuenciación; Variantes raras; Diseño experimental
• Keywords:Next generation sequencing; Disease association; Pooled DNA samples; Sequencing error rate; Rare variants; Experimental design