Los entornos de aguas subterráneas proporcionan hábitats para diversas comunidades microbianas, y aunque las arqueas suelen representar una fracción menor de las comunidades, están implicadas en ciclos biogeoquímicos clave. Analizamos la diversidad arqueal dentro de un sistema acuífero mixto de roca carbonatada/siliciclástica, en sentido vertical desde los suelos superficiales hasta las aguas subterráneas subsuperficiales, incluyendo las rocas del acuífero y del acuitardo. También se caracterizó la diversidad arcaica a lo largo de un transecto de pozos de control que abarcaba los usos superficiales del suelo, desde los bosques/selvas hasta los pastizales y las tierras de cultivo. La secuenciación de los genes del ARNr 16S mostró que sólo unas pocas arqueas que habitan en el suelo superficial estaban presentes en las aguas subterráneas, lo que sugiere una entrada restringida desde la superficie. Los grupos dominantes en las aguas subterráneas pertenecían al grupo marino I (MG-I) Thaumarchaeota y al Woesearchaeota. La mayoría de los grupos detectados en las muestras de roca del acuitardo y del acuífero pertenecían a litoautótrofos cultivados o previstos (por ejemplo, Thaumarchaeota o Hadesarchaea). Además, para localizar a los autótrofos, se llevaron a cabo una serie de experimentos de búsqueda de isótopos estables de 13CO2 utilizando trozos de filtro obtenidos tras la filtración de 10.000 L de agua subterránea para concentrar las células. Estas incubaciones identificaron a los SAGMCG Thaumarchaeota y Bathyarchaeota como autótrofos de las aguas subterráneas. En general, los resultados sugieren que la mayoría de las arqueas de las rocas fijan el CO2, mientras que la autotrofia de las arqueas parece estar limitada en las aguas subterráneas.
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