Los murciélagos son importantes para la homeostasis de los ecosistemas y sirven de hospedadores de diversos microorganismos, entre ellos bacterias, virus y hongos con potencial patógeno. Este estudio tuvo como objetivo aislar hongos a partir de muestras biológicas obtenidas de murciélagos capturados en la ciudad de Sinop (estado de Mato Grosso, Brasil), donde existen grandes áreas de deforestación debido a la urbanización y la agricultura. En función del flujo de personas y animales domésticos, se capturaron 48 murciélagos en once fragmentos de bosque urbano. Las muestras fueron procesadas y sometidas a cultivos microbiológicos, para aislar e identificar los géneros fúngicos. Treinta y cuatro (70,83%) de los murciélagos capturados dieron positivo a hongos; 18 (37,5%) y 16 (33,33%) de estos murciélagos eran hembras y machos, respectivamente. Se aislaron Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. y Candida sp., que pueden causar infecciones oportunistas. La especie de murciélago con mayor número de aislamientos fúngicos fue Molossus molossus: 21 aislamientos (43,8%). Según nuestros resultados, los murciélagos capturados en fragmentos de bosque urbano en Sinop albergan hongos patógenos, lo que aumenta el riesgo de infecciones fúngicas oportunistas en humanos y animales domésticos.
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