La mayor diversidad de especies eucariotas se encuentra dentro de los eucariotas microbianos, los protistas, mientras que las plantas y los hongos/metazoos representan sólo dos de los setenta y cinco linajes estimados de eucariotas. Los protistas son un grupo diverso caracterizado por características genómicas inusuales y una amplia gama de tamaños genómicos, desde 8,2 Mb en el parásito apicomplexa Babesia bovis hasta 112.000-220.050 Mb en el dinoflagelado Prorocentrum micans. Los protistas poseen numerosos rasgos celulares, moleculares y bioquímicos que no se observan en los organismos modelo de los "libros de texto". Estas características cuestionan algunos de los conceptos y suposiciones sobre la regulación de la expresión génica en eucariotas. Al igual que los eucariotas multicelulares, muchos protistas codifican múltiples eIF4E, pero se han realizado pocos estudios funcionales, excepto en especies parásitas. Un análisis filogenético anterior de las eIF4E de protistas indicó que no pueden agruparse dentro de las tres clases que describen a los miembros de la familia eIF4E de organismos multicelulares. Ahora se dispone de muchas más secuencias de protistas a partir de las cuales pueden reconocerse tres clados distintos de las clases de plantas/hongos/metazoos. La comprensión de las eIF4E protistas se verá facilitada a medida que se disponga de más secuencias, en particular para los opistocetos y los amebozoos, poco representados. Del mismo modo, a medida que se completen los estudios funcionales de las eIF4E de protistas, se desarrollará una mejor comprensión de las eIF4E dentro de cada clado.
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