El presente estudio tuvo como objetivo evaluar el contenido de ocratoxina A del café mediante análisis cromatográfico y diseñar un método mediante PCR-DGGE para analizar al mismo tiempo la totalidad de la flora fúngica presente en las muestras de café con el fin de determinar su origen geográfico. Se recogieron 96 muestras de café de la región oeste (Bafoussam y Dschang), región centro (Bafia) y región este (Batouri) de Camerún durante dos años (2017 y 2018). Se evaluaron dos tratamientos (vía seca y vía húmeda) en tres etapas diferentes del procesamiento del café (café pergamino, café verde y café con cáscara). La caracterización del perfil fúngico se realizó con PCR-DGGE y secuenciación. Los niveles de OTA se evaluaron mediante análisis HPLC. Los resultados indicaron que la micoflora toxinógena asociada con los granos de café era principalmente Aspergillus niger, A. carbonarius y A. ochraceus. Los datos de PCR-DGGE revelaron que cada lugar de muestreo se caracteriza por un perfil fúngico específico. A pesar de la influencia del tratamiento sobre la población fúngica del café, se observaron bandas comunes a las muestras procedentes del mismo sitio. Por lo tanto, estas bandas podrían constituir marcadores biológicos potenciales para rastrear el origen del café. Se detectó OTA en la mayoría de las muestras de café analizadas y sólo unas pocas muestras contenían OTA en niveles superiores al límite máximo tolerable para los alimentos destinados al consumo humano. El contenido de OTA en el café se vio influido significativamente por la etapa y el periodo de muestreo.
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